2017年2月，全民健康保障信息化工程一期项目初步设计方案和投资概算获得国家发展改革委批复。一期项目总投资达3.446亿元人民币，计划建设39个业务系统，包括人口、中医药、新农合、疾控、食品、综合等七个大的业务模块，和医疗服务质量、血液、医疗卫生资源等系统。

2018年11月，在全民健康保障信息化工程一期项目（人口统筹管理业务应用平台）专题培训班召开期间，中国人口与发展研究中心主任贺丹表示，全民健康保障信息化工程是人口宏观管理与决策信息系统的后续建设项目，将主要用于人口监测和信息服务，加强家庭信息管理，保障计划生育家庭扶助政策落实，逐步建设形成分地区人口预测、人口城镇化评估、人口政策与人口老龄化的辅助决策支撑体系，进而为完善调整生育政策、家庭健康发展等应用提供信息支撑和科学依据。

2019年7月，国家卫生健康委统计信息中心在重庆组织召开了全民健康保障信息化工程一期项目全国平台对接推进培训会。国家卫健委统计信息中心副主任胡建平在会上发表讲话，要加快推进国家与省级平台对接，推进全民健康信息化高质量发展，并提出了具体要求：一是打通全民健康信息化“大动脉”，构建统一权威、互联互通的全民健康信息平台，提高医疗卫生信息化水平。二是推进平台建设重点“六个一”，即推进业务协同监管“一体化”、精准决策管理“一门户”、惠民政务服务“一站式”、信息资源管理“一张图”、数据分析利用“一平台”、数据分析挖掘“一个湖”。三是强化底线思维，做好网络信息安全工作，确保信息系统安全稳定运行。

2020年初疫情爆发后，作为国家全民健康保障信息化工程的重要基础，国家全民健康保障信息平台迅速上线新冠肺炎疫情防控数据查询服务，在国家卫生健康委会同相关部门联防联控、全力应对新冠肺炎疫情的过程中发挥了重大作用，确保数据及时准确送达各有关部门。在确保个人隐私和网络信息安全的前提下，国家全民健康保障信息平台提供确诊疑似、可能密接和县域风险等级等有关信息由各省及有关单位授权查询调用，数据来自卫生、公安、航班、高铁等不同系统。各省通过平台调用接口，将平台数据跟当地情况对接后，各省再按照风险等级和个人申报情况进行判断，为全国疫情分区分级精准防控和复工复产提供了可靠的数据参照。

2020年12月31日，全民健康保障信息化工程一期项目领导小组办公室组织召开实施机构验收会，专家组一致同意统计信息中心承建部分通过实施机构验收。