方肇勤灌输给学生的最基本学术价值是，医学要发展、发明，解决医学问题，批判性思维至关重要。因而他致力于学生批判性思维的培养，在课程设计中煞费苦心。譬如，给学生一篇公开发表的医学论文，鼓励学生找出问题所在，并在课堂内大胆发声，被誉为“头脑风暴”。结果显示，学生“批判”能力超强，可以将论文中存在的细枝末节毛病都“精挑细选”出来。这样的教学方法让学生深受冲击，惯有的思维模式受到前所未有的挑战。
为实验动物望闻问切，创建中医诊法和辩证方法学
方肇勤认为，探索和发现，是基础医学的基本使命。中医药事业需要继承，更要发展。几十年来，他承担了国家自然科学基金等科研项目数十项，寒来暑往，日日夜夜，他奋战在实验室，埋头于研究中，获得了丰硕的成果。
方肇勤参与的科研成果“病证结合动物模型的制备方法与应用”荣获国家科技进步二等奖；所负责的项目“大鼠、小鼠辨证论治实验方法学的创建”荣获中国实验动物科学技术奖三等奖、“原发性肝癌中医药辨证论治的基础研究”荣获中国中西医结合学会科技进步三等奖、“实验小鼠四诊与辨证方法学的创建”荣获中华中医药学会科技进步三等奖等。
他带领团队开创的常用实验动物大鼠、小鼠辨证论治方法学，开始了中医计量化和标准化方法，为中医医学疗效提供了判断。
中医擅长“把脉”，而为实验动物大鼠小鼠望闻问切则闻所未闻。方肇勤花了10年的时间，得到了重量级的认可——他领衔团队参与的“病证结合动物模型的制备与应用”研究，获国家科技进步二等奖。
