我国对于新冠疫情的防治措施已有成效，不过在中国以外地区情况却不容乐观，“钻石公主”号邮轮的疫情已成中国以外最大疫情。当世界把关注目光投向中国以及日本之时，此前疫情相对稳定的韩国情况却突然恶化，新增确诊人数连续3天翻番。
据韩国中央防疫对策本部通报，21日16时至22日16时，韩国新增确诊病例229个，累计确诊433例。其中，大部分新增患者出现在大邱和庆尚北道地区，主要是受大邱出现“超级传播者”和庆北地区医院内的集体感染事件影响。韩国官方称，已将疫情严重的大邱和庆北地区作为传染病特别管理地区。
韩国卫生工
韩国卫生工作人员在医院前喷洒消毒剂
新冠疫情已经影响了世界多个国家并在中国以外的几个国家迅速蔓延，而我们尚不知晓此次疫情的始发地是哪里。尽管此前人们认为新冠病毒（SARS-CoV-2）源自华南海鲜市场，但是前几天中国科学院科技论文预发布平台 ChinaXiv 的一项新研究报告却明确地推翻了这一说法，并指出可能早在11月下旬已经出现病毒人传人现象。
这项报告由中科院西双版纳热带植物园郁文彬教授以及华南农大和北京脑科中心的科研人员合作完成。研究人员从GISAID EpiFluTM数据库的共享数据中获取了2020年2月12日以前来自4大洲12个国家的93个新冠病毒完整基因并对其进行了分析，从而探索病毒自发现以来的演化和传播信息。
http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
SARS-CoV-2并未发生变异。SARS-CoV-2的基因组包含140个可变位点，编码区包含120个替换位点，被分类为58个单倍型（单倍体基因型）。研究人员使用90个SARS-CoV-2基因组估算DNA替换率，发现SARS-CoV-2低于SARS-CoV和MERS-CoV，表明SARS-CoV-2仍在经历稳定地进化，而没有和其他病毒重组导致较大范围的突变。
58个单倍型和一个外群bat-RaTG13-CoV的代表的整体比对的概述
使用Arlequin软件进行错配分布分析发现，SARS-CoV-2进行了两次种群扩张。计算扩张的时间为28.72天（95%CI:12.29-54.36天），而最新取样日期是2020年2月3日，因此离这个日期最近的一次扩张发生在2020年1月6日。另外，对2020年1月6日前22个基因组的错配分布分析显示，在2019年12月8日也发生过种群扩张，当时只有一名受感染的患者被正式报告。也就是说，12月前SARS-CoV-2已经在武汉发生人传人，最早可能是从11月中下旬开始。
中国及国外样品采集日期
研究人员提出，SARS-CoV-2的58个单倍型进化网络是以bat-RaTG13-CoV为外群。演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体mv1 (可能是祖先单倍型，也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。然而，对该单倍型对应的病毒样品进行溯源，发现华南海鲜市场的所有样本均为H1单倍型或其衍生单倍型，表明这里不是病毒的原始来源地，可能是由市场内的工人或销售商从其他地方带来了病毒。
SARS-CoV-2的基因组单倍型在样本采集期间的变化。华南市场确认样本用红圈表示，与市场无关联的确认样本用蓝圈表示。
2020年1月24日，顶级国际期刊《柳叶刀》发布的一项对武汉最初 41 名新型冠状病毒感染者的研究报告就提出，病毒起源地或许不是华南海鲜市场。最新的这项报告则通过基因组数据分析再次肯定了这一推测。
在该报告的最后，研究人员认为，如果今后有更多的样本进行测序，那么武汉市部分感染患者的样本中将会发现H13和H38这两个祖先单倍型，这对于寻找SARS-CoV-2的原始来源至关重要。
参考资料：
[1] Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data
[2] 韩国今天这场面…首尔市长慌了：赶紧回家
[3] 华南海鲜市场不是新冠病毒发源地，11 月下旬可能存在人传人：中科院团队研究
原标题：国外病例激增，而新冠疫情发源地仍然成谜
韩国卫生工作人员在医院前喷洒消毒剂
新冠疫情已经影响了世界多个国家并在中国以外的几个国家迅速蔓延，而我们尚不知晓此次疫情的始发地是哪里。尽管此前人们认为新冠病毒（SARS-CoV-2）源自华南海鲜市场，但是前几天中国科学院科技论文预发布平台 ChinaXiv 的一项新研究报告却明确地推翻了这一说法，并指出可能早在11月下旬已经出现病毒人传人现象。
这项报告由中科院西双版纳热带植物园郁文彬教授以及华南农大和北京脑科中心的科研人员合作完成。研究人员从GISAID EpiFluTM数据库的共享数据中获取了2020年2月12日以前来自4大洲12个国家的93个新冠病毒完整基因并对其进行了分析，从而探索病毒自发现以来的演化和传播信息。
http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
SARS-CoV-2并未发生变异。SARS-CoV-2的基因组包含140个可变位点，编码区包含120个替换位点，被分类为58个单倍型（单倍体基因型）。研究人员使用90个SARS-CoV-2基因组估算DNA替换率，发现SARS-CoV-2低于SARS-CoV和MERS-CoV，表明SARS-CoV-2仍在经历稳定地进化，而没有和其他病毒重组导致较大范围的突变。
58个单倍型和一个外群bat-RaTG13-CoV的代表的整体比对的概述
使用Arlequin软件进行错配分布分析发现，SARS-CoV-2进行了两次种群扩张。计算扩张的时间为28.72天（95%CI:12.29-54.36天），而最新取样日期是2020年2月3日，因此离这个日期最近的一次扩张发生在2020年1月6日。另外，对2020年1月6日前22个基因组的错配分布分析显示，在2019年12月8日也发生过种群扩张，当时只有一名受感染的患者被正式报告。也就是说，12月前SARS-CoV-2已经在武汉发生人传人，最早可能是从11月中下旬开始。
中国及国外样品采集日期
研究人员提出，SARS-CoV-2的58个单倍型进化网络是以bat-RaTG13-CoV为外群。演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体mv1 (可能是祖先单倍型，也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。然而，对该单倍型对应的病毒样品进行溯源，发现华南海鲜市场的所有样本均为H1单倍型或其衍生单倍型，表明这里不是病毒的原始来源地，可能是由市场内的工人或销售商从其他地方带来了病毒。
SARS-CoV-2的基因组单倍型在样本采集期间的变化。华南市场确认样本用红圈表示，与市场无关联的确认样本用蓝圈表示。
2020年1月24日，顶级国际期刊《柳叶刀》发布的一项对武汉最初 41 名新型冠状病毒感染者的研究报告就提出，病毒起源地或许不是华南海鲜市场。最新的这项报告则通过基因组数据分析再次肯定了这一推测。
在该报告的最后，研究人员认为，如果今后有更多的样本进行测序，那么武汉市部分感染患者的样本中将会发现H13和H38这两个祖先单倍型，这对于寻找SARS-CoV-2的原始来源至关重要。
参考资料：
[1] Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data
[2] 韩国今天这场面…首尔市长慌了：赶紧回家
[3] 华南海鲜市场不是新冠病毒发源地，11 月下旬可能存在人传人：中科院团队研究
原标题：国外病例激增，而新冠疫情发源地仍然成谜
