执法检查报告在充分肯定中医药法实施取得明显成效的同时，也指出中医药法实施尚存在对中医药科学性的认识不到位、基层中医药服务能力薄弱、中药材质量安全问题较突出、中医药人才队伍建设薄弱、法律制度规定未完全落实等五大问题，需要引起重视并着力解决。

对中医药科学性的认识不到位。检查发现，一些部门和地方对中医药科学性的认识不到位，轻视、歧视甚至排斥中医药的情况还不同程度存在，中西医并重方针落实不够。部分地方存在弱化中医药管理机构、削减人员编制现象，有的省份没有单设中医药管理机构。

基层中医药服务能力薄弱。中医药法对中医药服务体系和服务能力建设有具体规定，但检查发现，这些规定在落实上还存在短板。中医优质医疗资源总量不足、分布不均。基层中医药服务能力薄弱问题仍然比较突出。部分基层医疗卫生机构中医药服务能力薄弱、服务内容单一，特别是村医的中医药服务能力亟待加强。

中药材质量安全问题较突出。检查发现，中药材质量良莠不齐，中药材种子种苗发展混乱、农药残留超标等问题突出。一些企业和个人单纯追求中药材产量和利润，过度使用农药、化肥，不到年限乱采滥收，以次充好、以假乱真的现象时有发生。

中医药人才队伍建设薄弱。检查发现，中医药院校专业课程体系设置还不够合理，一些院校的中医药教育中医经典的教学偏少，且与中医基础类课程和临床实践课程衔接、融合不够。老中医药专家师带徒、中青年专家跟师学习的激励保障机制不健全，一些老中医学术思想和老药工传统技艺面临失传。

法律制度规定未完全落实。中医药法对中医医术确有专长人员资格考核、古代经典名方简化审批、传统工艺配制院内制剂备案管理等改革创新作出了规定。检查发现，这些重要制度规定的落实工作推进缓慢。法律规定国家建立和完善符合中医药特点的科学技术创新体系、评价体系和管理体制，但还存在简单套用西医药标准体系评价中医药、不能充分体现中医药特点的问题。