2016年9月6日，中国裁判文书网发布的《张某某、李某虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票一审刑事判决书》显示，“证人证言”中披露了证人张某证实，其与张某某等人在舒城注册了地产公司等三家中药材公司，其中，地产公司向外开《安徽增值税专用发票》的受票公司涉及安徽华源医药股份有限公司等多家公司。但是，包括安徽华源医药股份有限公司在内的六家受票公司在地产公司没有买一分钱的中药材，其公司给六家受票的公司开的所有《安徽增值税专用发票》上的中药材的金额、税款全部都是无货虚开。六家受票公司，都按照每份增值税专用发票上的价税合计金额付给地产公司4.5%左右的开票费用。

董事长王军被曝行贿事件

记者还注意到，安徽华源医药股份有限公司除了涉虚开发票案件外，还牵扯受贿案件。

据中国裁判文书网披露的《石某受贿一审刑事判决书》显示，2016年1月至2019年2月,刘某1代表安徽华源医药股份有限公司向七台河市人民医院销售药品，为取得关照，多次送给石某好处费共计8万元人民币。

《吴东昆受贿一审刑事判决书》显示，2015年至2017年期间，被告人吴东昆接受安徽华源医药股份有限公司员工冷某的请托，为冷某代理的药品在涡阳县中医院提高销量和支付货款上提供帮助，先后3次收受冷某给予的7万元。