钟南山院士研究团队在国际期刊《药理学研究》发表的《连花清瘟对新型冠状病毒具有抗病毒、抗炎作用》论文，是中成药有效抗新型冠状病毒SARS-Cov-2的首篇基础性研究文章。该研究发现，连花清瘟能显著抑制新型冠状病毒在细胞中的复制，连花清瘟处理后细胞内病毒颗粒表达显著减少。炎症风暴是机体对病毒、细菌等外界刺激产生的一种过度免疫反应，成为新冠肺炎由轻症向重症和危重症发展的重要节点。连花清瘟能显著抑制新型冠状病毒感染细胞所致的炎症因子TNF-a、IL-6、MCP-1和IP-10的基因过度表达。这项研究揭示了连花清瘟在新冠肺炎中确切疗效的药理学作用基础，证实了连花清瘟通过抑制病毒复制、抑制宿主细胞炎症因子表达，从而发挥抗新冠病毒活性的作用，为连花清瘟治疗COVID-2019的应用提供了实验依据。
厦门大学药学院吴彩胜教授联合海军军医大学柴逸峰教授团队在连花清瘟胶囊防治新冠肺炎的药理活性成分和机制研究方面取得的成果《基于人体暴露和ACE2生物色谱筛选传统中药连花清瘟胶囊的抗COVID -19药理活性成分》在药学顶级期刊《药学学报》(《Acta Pharmaceutica Sinica B》，该杂志影响因子7.097)获得发表，这是中药连花清瘟防治新冠肺炎的最新证据。实验结果表明，在多次给药后的人体内成功鉴定出连花清瘟85个相关成分，并选择小部分成分通过SPR分析验证了ACE2结合能力，成分苦杏仁苷、野黑樱苷、甘草酸、连翘苷A、连翘苷I、大黄酸、芦荟大黄素等都与ACE2有结合亲和力。值得一提的是，这些成分不仅显示出对ACE2的良好亲和力，而且通过计算机辅助对接结果证实可以有效地结合在ACE2和S蛋白复合物的接触表面上，这些ACE2结合成分可能通过有效影响ACE2和S蛋白之间的结合而抑制新冠病毒(SARS-CoV-2)，为连花清瘟胶囊预防和治疗新冠肺炎(COVID-19)提供了实验依据。
疫情期间，连花清瘟被广泛应用于新冠肺炎患者收治医院。由钟南山院士、李兰娟院士、张伯礼院士等专家联合20余家医院共同参与的“中药连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎前瞻性、随机、对照、多中心临床研究”结果，发表在国际植物医学领域影响因子较高的杂志《植物医学》（影响因子4.18）。该研究从临床应用角度研究发现，连花清瘟在常规治疗基础上对新型冠状病毒肺炎的治疗安全有效，可以明显改善新型冠状病毒肺炎患者的临床症状与临床结局。
