在疫情早期，化学药和疫苗都没有可及性，张伯礼团队利用组分中药国家重点实验室等国家级科研平台开展已上市中成药快速筛选和抗新冠病毒中药活性筛选及新药研发。对已上市中成药做了筛选和评价工作，最终筛选出65种广谱抗病毒、抗细胞因子风暴、抗肺纤维化的中成药。

同时创建了应急状态下中药新药发现模式和关键技术，建立“经典文献-组分筛选-药理评价-临床验证”技术流程和关键技术，成功研制了中药制剂并在一线应用。针对新冠肺炎核心病机，梳理治疗“疫”“瘟”及呼吸道传染病的经典方剂，结合临床经验形成基本处方，进而进行成药性综合评价，研制出中药新药宣肺败毒颗粒。并在抗疫一线承担了科技部紧急启动项目的临床研究，开展了五个临床观察和评价的研究。并组织了对连花清瘟胶囊、金花清感颗粒、清肺排毒汤等药物的临床评价研究。