两票制之后，随之而来就是医药营销模式的变化，原来的底价代理模式，必须向高开佣金制模式转变;原来二级商业既要承担物流又要承担推广的事情，将会分开来独立运营。物流的事情会被一级大商业取代，而推广的职责必须通过独立的CSO公司来解决。
医药行业目前面临的问题：
1.医药企业多、小、散、乱的问题突出，缺乏大型龙头企业。全国医药工业企业3613家，其中大型企业423家，只占总数的11.7%。
2.以企业为中心的技术创新体系尚未形成。新药创新基础薄弱，医药技术创新和科技成果迅速产业化的机制尚未完全形成，医药科技投入不足，缺少具有我国自主知识产权的新产品，产品更新慢，重复严重。化学原料药中97%的品种是"仿制"产品。老产品多、新产品少;低档次与低附加值产品多、高技术含量与高附加值产品少;重复生产品种多、独家品牌少。应用高新技术改造传统产业的步伐较慢。多数老产品技术经济指标不高，工艺落后，成本高，缺乏国际竞争能力。
3.医药流通体系尚不健全。在计划经济体制下形成的三级批发格局基本打破以后，新的有效的医药流通体系尚未完全形成，非法药品集贸市场屡禁不止。加上生产领域多年来的低水平重复建设，致使多数品种严重供大于求，流通秩序混乱，治理任务艰巨。但现在以九州通、国药控股、华润等龙头医药流通企业在大规模的并购商业公司，以改变现在的医药市场情况。
