药品追溯系统首先将实施批准文号和注册证号管理（进口药品）的药品纳入监控范围，后续将中药饮片纳入监控范围。

通知提出，第一批入网单位按要求每日向药品追溯系统上报药品进销存信息情况，药品批发企业负责上报所有购进、销售、库存药品信息；药品零售连锁总部负责上报各门店所有购进、销售、库存药品信息。

药品追溯系统已于4月20日正式上线运行，第一批入网企业须按照“接口方案”和“操作手册”于5月20日前完成入网注册、数据对照和上传工作，并确保信息真实、完整、准确，不得拒报、虚报、瞒报、迟报。药品追溯系统可能涉及企业敏感数据，采取多项措施加强数据安全防护和保密。