检查的重点内容为，费用、成本、收入的真实性等。其中，销售费用列支是否有充分依据，是否真实发生；是否存在从同一家单位多频次、大量取得发票的现象；采购原材料时，是否存在空转发票等方式抬高采购成本的情况；是否存在蓄意抬高生产成本的现象；是否利用高开增值税发票等方式虚增收入；是否存在药品空转现象等。

检查结束后，财政部将会同国家医保局统一组织汇总，对金额重大、性质严重和专业性较强的问题进行审理论证。