在政府着力做好环境的同时，连云港企业也加快建立跨国、跨区域创新研发体系。近年来，连云港各医药企业积极发挥主观能动性，建立了以企业为主体、产学研为补充的跨国、跨区域创新研发体系。恒瑞医药在连云港、上海、成都等城市及美国设立了研发中心和临床医学部，打造了有一支3000多人的研发团队，其中博士、硕士以上学历的人员有2000多名及100多名外籍雇员。正大天晴建立了包括国家级企业技术中心、博士后科研工作站等平台载体。豪森药业在连云港、上海张江分别建有研发中心，形成包括药学研究、临床前研究、临床研究和注册申报的完整研发体系，并与国内多家科研院所建立了协同研发的长期合作。康缘药业在连云港、南京等城市建立了自己的研发团队，并同美国哈佛大学、美国马里兰大学、英国曼彻斯特大学及国内的高校院所建立长期稳定的合作关系，共同开展现代中药开发研究。港城企业通过承担国家“重大新药创制”等科技重大专项，不断提升企业创新能力，构建了同世界接轨的创新体系，并逐步成为中国医药创新的领军企业。