复旦张江与上海医药（601607）颇有渊源。 招股书申报稿显示，1999年，上海医药通过受让股权成为公司股东。2002年，公司H股上市时，上实控股作为战略投资者认购公司H股股份。2009年，根据上海市国资委做出的相关资产整合安排，上海医药收购上实控股所持的医药资产，由此承继了复旦张江股份，持股比例增至20%以上。 目前，上海医药合计持有公司2.1亿股，持股比例达22.77%，为公司第一大股东。上海市国资委为上海医药的实际控制人。 需要说明的是，由于复旦张江股权较为分散，无单一股东通过直接或间接方式持有公司股权比例或控制其表决权超过30%的情形，各方股东无法决定董事会多数席位或对公司进行实质控制，因此公司无实际控制人。
