除此之外，医院还有“药占比考核”这一座大山压在肩上。为规范医疗机构及医务人员合理用药，在2015年，国家就发布了《关于城市公立医院综合改革试点的指导意见》，其中明确提出，力争到2017年试点城市公立医院药占比（不含中药饮片）总体降到30%左右。即病人到院看病的过程中，买药的花费占总花费的比例不得超过30%

但从公开数据来看， 2017年全国平均药占比仍占34%， 有超千家医院的药占比仍在45%以上。在改革的推进过程中，有些地方医院为了硬性完成指标，出现了医生不开“高价药”；有些医院在实际帐目操作中将药品收入计入其他收入的情况。

“药占比考核”指标相对来说较为粗放，也导致了实际推进中种种问题，在2019年1月，国务院政策例行吹风会上医政医管局局长张宗久表示合理用药的相关指标取代了单一使用药占比进行考核。但在医保控费的大背景下，万全在会上表示，2015年公立医院又被套上医药费用增速不超过10%“紧箍咒”。有医院内部人员对经济观察网表示，尽管国家在考核三级公立医院考核时已经取消了药占比指标，但在医院内部仍在施行。

在医药综合改革中还有对于医保支付方式的改革，包括总额预付和DRGs付费两种方式。绝大部分地方现在在医保支付的时候都是总额预付，意味着医院在接受医保病人的过程中基本每年都会有超总额的部分，会长期挂帐和占用医院的资金。“从2016年、2017年开始公立医院出现收支亏损，2016年大概是四分之一的医院出现了收支为负，到2017年超过30%的医院出现了收支为负，这给我们整个的医院运行都带来了很大的挑战。”万泉表示。