与此同时，2017年至2019年，皓元医药从甘肃皓天处的采购金额分别为284.61万元、395.75万元、832.47万元，占皓元医药原料药和中间体业务的销售收入比例分别为3.09%、2.78%和5.37%。
不过，对于该笔交易，有媒体质疑，该公司在本次招股书中隐瞒了曾控股甘肃皓天83%股权，并且以83万元转让给薛吉军的历史交易。首先，薛吉军于该公司申请新三板上市前转让13%的股权，有让利嫌疑。其次，皓元医药以83万元出售甘肃皓天83%股权之后，又以近5000万元买回12.21%股份，有向薛吉军输送利益嫌疑。
然而，在其招股书中，给出的解释是，2019年5月7日，皓元医药与甘肃皓天签订了《增资协议》及《补充协议》，皓元医药以4999.9987万元的价格认购甘肃皓天新增注册资本 135.1351 万元。
