2017年至2020年1-6月，山东邹平大展新材料有限公司（以下称“山东大展”）一直是皓元医药的第一大供应商，为公司相关中间体提供加工服务。山东大展曾被列为失信被执行人，主要系借款互保造成的违约。

皓元医药表示，山东大展涉及的金融借款纠纷案于2018年开始，因涉案金额较大，为避免山东大展潜在的被查封、财产处置等风险，公司采取了降低采购金额、采购比例，寻找新的外协厂、储备替代外协产能等多项措施，避免造成对公司的不利影响。

除了对皓元医药供应商山东大展的质疑外，还有两家公司成立不久就成了公司大供应商，也遭到科创板上市委问询，要求公司说明皓元医药于杭州灵运以及安徽实特成立不久便与其发生采购交易或签订医药中间体采购合同的合理性。

根据招股说明书，皓元医药与2018年第二大供应商杭州灵运医药科技有限公司采购交易金额为1114.46万元，皓元医药与安徽实特医药科技有限公司于2019年11月11日签订675万元医药中间体的采购合同，根据公开资料显示，杭州灵运医药科技有限公司和安徽实特医药科技有限公司分别成立于2018年1月和2019年9月。

据21世纪经济报道报道，安徽实特医药科技有限公司（以下简称“安徽实特”）与皓元医药子公司注册地址重合。安徽实特成立于2019年9月2日，注册资本500万，注册地址为“安徽省马鞍山市慈湖高新区霍里山大道北段1669号3栋”，而皓元医药全资孙公司安徽乐研生物医药科技有限公司注册地址也在“安徽省马鞍山市慈湖高新区霍里山大道北段1669号3栋”。皓元医药全资子公司安徽皓元药业有限公司（以下简称“安徽皓元”）的注册地址为“安徽省马鞍山市慈湖高新区霍里山大道北段1669号2栋”，与前两家公司住所相邻。

据企业观察网报道，2013年4月22日，皓元医药与薛吉军签定《股权转让协议》，以83万元的注册资本价格将持有的甘肃皓天83%的股权转让给薛吉军，估值约为100万元。到了2019年5月7日，皓元医药又与甘肃皓天签订了《增资协议》及《补充协议》，以4999.9987万元的价格认购甘肃皓天新增注册资本135.14万元，获得甘肃皓天13.18%的股权，投后估值达到3.8亿。也就是说，皓元医药对甘肃皓天的一买一卖，从当初100万估值“贱卖”的甘肃皓天，如今身价已经到了3.80亿元。短短的6年时间，甘肃皓天估值增长了380倍。