为保障四川中医药流派工作室的质量，四川省中医药管理局进行了严格的遴选工作。2018年9月11日，该局组织专家组对符合条件的候选工作室进行初评，采取审阅材料、专家集体讨论等方式，综合各单位自评情况及支撑材料情况，结合《川派中医药流派工作室建设项目专家评审表》内容进行了评分；2018年10月16日-17日，该局组织专家组对各流派工作室申报单位进行了统一答辩，评审专家对申报单位基本材料、绝招绝技等原始资料进行审阅、讨论并提出质询，根据各流派现场答辩情况进行了评分，最终，17个流派被列入“四川中医药流派工作室”候选单位，14个流派被列入“四川中医药流派工作室”建设单位。

光有答辩成绩还不行，眼见为实。2018年12月—2019年4月，四川省中医药管理局又组织专家组先后对17个候选单位进行了实地考察，主要考察流派学术经验挖掘整理、人才培养、科研孵化、推广运用、条件建设等情况，根据专家组考察意见，共有16个候选单位符合挂牌条件。