学校下设第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院/康复医学院、第四临床医学院、基础医学院/公共卫生学院、口腔医学院、药学院、护理学院、医学技术学院、生命科学学院、人文与管理学院以及马克思主义学院、成人教育学院/继续教育学院、国际教育学院，举办1所独立学院（滨江学院）。拥有附属第一医院（浙江省中医院）、附属第二医院（浙江省新华医院）、附属第三医院（浙江省中山医院）3所直属附属医院和20所非直属附属医院。

学校是全国首批招收和培养中医药研究生、在浙江省属高校中首批获得博士学位授予权和博士后科研流动站的院校。现有中医学、中药学、中西医结合3个一级学科博士学位授权点，中医学、中药学、中西医结合、临床医学、护理学、药学、医学技术、基础医学8个一级学科硕士学位授权点以及6个硕士专业学位授权点；建有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站；开设本科专业31个，涉及医学、理学、工学、管理学、文学五大学科门类。现有全日制在校生16000余人（含独立学院），其中本科生13500余人、硕士生2027人、博士生235人、学历留学生513人。