李时珍主张人定胜天，通过以上研究方法取得的成果，使他更加坚定了这一信念，认为药性不是固定的，可用人工方法改造其自然性能。药性下沉者，用酒引之使其升;升浮者以咸寒药引之使降，李时珍昭示迷信神仙说之误，批判服食飞升举之谬，服金银，为赖水谷血肉之躯所不堪，“求仙而丧生，可谓愚也矣”。居住水中，步履水上，是邪说;服食成仙“误食之罪，通乎天下”，药物“治病可也，服食不可也”。

李时珍治学严谨，对未知事物，常用“未审然否”?“亦无所询征，妨附于子，以俟博识”，作为结语。

1578年，《本草纲目》撰成。1580年，李时珍赴太仓访王世贞求序。李时珍殁后，方得刊行。书印行后，节译成全译成日、朝、拉丁、德、英、法、俄诸种文字，流行全世界。英·李约瑟说：“明代最伟大的科学成就是李时珍的《本草纲目》”。《濒湖脉学》1卷，撰于1564年。李时珍强调四诊合参，反对单以脉诊决病。至于论脉，将24脉分为七表、八里、九道，把浮、大、数、动、滑划为阳，沉、短、涩、弱、微划为阴。

《奇经八脉考》，约撰于1577年，1卷。本书考证历代文献，对奇经循行和主病，详加说明，且附已见。

李时珍临证，推崇张元素，重辨病证，立法严谨，用药得当。治疗时，或化裁古方，或自组新方，或用民间单验方，多有良效。

李时珍提出命门在两肾之间，为赵献可所发挥;指出“脑为元神之府”，肯定脑为全身中枢的功能。尚著有《命门考》、《集简方》、《白花蛇传》、《脉诀考证》等，已佚。《纲目》一书，乃父乃子及弟子庞鹿门均参与编写，次子建元为书绘图，可谓以李时珍为主的集体著作。