时间到了1997年，连云港制药厂进行改制，更名为“恒瑞医药”，而孙飘扬也继续执掌这家企业。

在企业步入正轨之后，孙飘扬对于研发的投入力度前所未见，仅仅在20年，恒瑞医药每年的研发经费都要占到销售额的10%左右，这在国内企业中独树一帜。

随后，恒瑞医药开始步步高升，市场占有率也是不断扩大！

目前，恒瑞医药有超过90多个在研品种，超过20个创新药品种进入临床。在造影剂市场，市场占有率已经达到19.1%，排名第一；在麻醉药品市场，市场占有率达到22.4%，排名第一。

如王爷说财经上述所，恒瑞医药每年的研发经费都要占到销售额的10%左右，所以在国内，恒瑞医药向来被视为“研发一哥”，能与之相提并论不多！

到2000年9月，恒瑞医药登陆上交所。

而在2006年，通过MBO方式（管理层收购），孙飘扬借助恒瑞集团实现了对恒瑞医药的控股，最终，孙飘扬成为上市恒瑞医药实际控制人。

而在2018年，恒瑞医药营收174.18亿元，同比增长25.89%，归属于上市公司股东的净利润近41亿元（40.66亿元），同比增长26.39%。