督察组进一步调阅资料发现，该企业在2019年6月11日就因利用雨水排口偷排废水被处罚，短短一个月内再次违法排污，顶风作案，性质恶劣。此外，该企业还以安全生产为名，拒绝环保部门突击检查，经济区环保执法部门只有在得到企业许可后方能进入企业对污水处理设施检查。

督察组现场检查还发现，经济区污水处理厂每天约2万吨工业废水总氮长期超标排放，2019年上半年排水总氮平均浓度高达110毫克/升，超标4.5倍。

而经济区内应按行业标准严格控制总氮排放的医药企业，借集中纳管之名规避行业达标排放要求。如，福抗药业公司和福兴医药公司是经济区内规模较大的化学合成类制药企业，每天向污水处理厂排放废水分别为2700吨和2400吨，总氮浓度分别高达260毫克/升和150毫克/升，超出行业排放标准7.7倍和4倍。

生态环境部表示，受港城经济区污水处理厂超标排放、企业偷排和生活污水直排等问题的影响，近年来，福清市兴化湾经济区西侧海域水质呈现明显的恶化趋势，海水无机氮浓度从2015年的0.27毫克/升增至2017年的0.5毫克/升，2018年依然达到0.41毫克/升，水质由Ⅱ类恶化到Ⅳ类。2019年2月监测结果显示，该海域海水无机氮浓度高达0.89毫克/升，同比上升74.5%，水质严重恶化为劣Ⅳ类。