2015年，EV71灭活疫苗获国家食品药品监督管理总局批准上市，成为全球首个预防EV71型病毒感染引起手足口病的疫苗，也是唯一采用人源性细胞基质生产的EV71疫苗产品。经过测定，该疫苗具有良好的安全性、免疫原性和保护性，预防由EV71引起的任何程度手足口病保护率达97.3%，有效降低EV71引起的包括手足口病、无菌性脑膜炎、脑干脑炎和脊髓灰质炎样的麻痹等多种神经系统疾病的发病率，为彻底改变手足口病防控的被动局面提供了有效工具。

除EV71灭活疫苗的研发，围绕国家重大传染病防控体系建设需求，昆明所已建立了涵盖实验室研究、非临床研究、中试放大、临床研究、产业化生产及上市后再评价的全产业链上的自主创新疫苗研制体系，先后实现三个“全球首创”、两个“中国第一”的创新研发，拥有一批能够带动生物医药产业发展的高水平研发成果。同时，基于较强的基础研究和应用开发实力，昆明所具备较强的原创能力和创新活力，形成具有特色优势的疫苗产品梯队，涵盖了申请生产文号、开展临床研究、获得临床批件等阶段，为后续发展提供了有力的支撑。