全市主要蒙药研发项目主要集中在蒙药股份、库伦蒙药、内蒙古蒙医药工程技术研究院、库伦旗蒙医医院、通辽市食品药品检验所。已承担完成各级科研项目近200项，包括国家科技支撑项目、973前期专项、新药创制专项、国家自然基金项目、部委课题、自治区课题以及市校合作项目等，研究经费达4000万元。

全市获国家专利12个、国家新蒙药证书2个、国家新药临床研究批件5个、鉴定科技成果17项，获多项自治区科技进步奖和自然科学奖。蒙药股份（200种中药配方颗粒）、库伦蒙药（202种蒙药配方剂）2家企业成功申报自治区蒙中药配方颗粒研发生产和临床使用试点，库伦蒙药“消食十味胶囊”列入国家药品标准提高项目，“消食十味胶囊”列入国家药品标准提高项目，“甘苦喷雾剂”新品种研制项目正在进行临床前研究。