学校现有教育部重点实验室1个，国家中医药管理局研究中心1个、重点研究室3个、三级实验室10个；有科技部中医药国际科技合作基地1个，国家中医药管理局中医药国际科技合作基地1个。现为国家“973计划”项目首席科学家单位，曾先后获得各级各类科研课题立项3500项，其中国家973项目及课题5项、863项目1项、“十三五”国家重点研发计划项目1项；获得各级各类奖励1182项，其中国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖8项、吴阶平－保罗·杨森医学药学奖2项、吴阶平医药创新奖1项、高等学校科学研究优秀成果奖一等奖2项、中国中西医结合学会科学技术奖一等奖4项、中华中医药学会科学技术奖一等奖3项、黑龙江省科学技术奖一等奖14项、中国中医药研究促进会科学技术奖一等奖1项、中国康复医学会科学技术奖一等奖1项。学校培养的博士撰写的学位论文分别于2008年和2012年获得教育部、国务院学位委员会“全国优秀博士学位论文”。学校教学科研设备总值达3.7亿元，有超导核磁共振波谱仪、超高效液相质谱联用仪等一批大型精密仪器设备。在中药血清药物化学研究、中药天然药物药效物质基础研究等方面处于国际先进水平，在方剂配伍规律、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。

学校附属第一医院（第一临床医学院、护理学院）为国家中医临床研究基地建设单位、全国示范中医医院。附属第二医院（第二临床医学院、针灸推拿学院、康复医学院）为全国首批现代化中医院建设单位，占地面积40万平方米，规划设置10000张养老养护康复床位的哈南“医养结合”项目正在有序推进。附属第三医院（原黑龙江省电力医院）划转工作顺利完成，正在规划建设全省乃至全国一流的三级甲等中西医结合医院。三所附属医院现有床位3100张，有国家重点专科19个，年门诊量150余万人次。