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国家药监局发布的“2019年下半年北京市药品质量安全公告”显示，马应龙药业集团股份有限公司生产的“红霉素软膏”(批号190126)被北京市药品检验所检出“含量测定”项不合格，检品来源是北京市宣内药品有限责任公司。黑龙江葵花药业股份有限公司生产的“银翘伤风胶囊”批号（批号20181002）霉菌和酵母菌总数不合格，检品来源是北京京盟汇康医药有限公司。

马应龙药业集团股份有限公司此前曾因产品不合格登“黑榜”:2017年5月11日，国家食品药品监督管理总局发布的“总局关于11批次药品不合格的通告(2017年第74号)”显示，马应龙生产的“地奥司明片”(批号150609)被大连市药品检验所检出“含量测定”项不合格，检品来源是华东医药湖州有限公司。

2018年至2019年期间，马应龙投资的成都欧康医药股份有限公司曾因环保违规等问题被累计处罚2次。