据公告，2017年扣非净利润同比下降2.73%主要是受参股企业贡献利润大幅下降的影响，而2018年同比下降6.80%主要受报告期内公司研发费用投入大幅增长及计提商誉减值准备所致。
同时，非经常性损益项目政府补助数据显示，2016年至2018年，该数据分别为2.65亿元、3.01亿元和4.31亿元。
对于此次核查中颇受外界关注的销售费用，2017年和2018年，上海医药的销售费用分别为74.11亿元和110.58亿元，分别同比前一年增长49.21%和22.15%，同期，上海医药营业收入分别为1308.47亿元和1590.84亿元，分别同比前一年增长8.35%和21.58%。而2017年其工业销售费用分别同比增长31.08%以及63.96%，而2017年和2018年报告期内，公司医药工业销售收入分别同比增长20.71%、29.86%，工业销售费用的增幅远超医药工业销售收入。
如果以绝对值进行比较，上海医药的销售费高出同行不少。据上海医药2018年年报显示，同行业上市公司白云山、复星医药、恒瑞医药、华润三九及丽珠集团几家同行的平均销售费用为46.56亿元。
