他先后带领团队主持承担国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家973项目子课题、国家自然科学基金、国家卫生行业重大专项等国家级项目17项，山东省重大研发计划、山东省自然科学基金等省部级课题26项。成果先后被鉴定为“国内外首创”、“国际领先”、“达国际先进水平”，并获国家科技进步二等奖、中国中西医结合学会科学技术奖一等奖、山东省科技进步一等奖等全国、省、部、局级科技进步奖34项次，在SCI收录期刊和国内核心期刊发表论文300多篇。

他高度关注民生工程，注重承担社会职责，连续多年为防盲治盲奔波劳力。多年来的深耕实践，让毕宏生教授更加重视贫困白内障患者复明工程和青少年视力低下防治重大民生工程的重大意义，取得突出成绩。