恒瑞医药2018年报显示，截至2018年年底，公司共有56个创新药正在临床开发，2018年提交国内新申请专利144件，提交国际PCT新申请78件，获得国内授权26件，获得国外授权39件。2018年取得创新药制剂生产批件2个，仿制药制剂生产批件7个；取得创新药临床批件16个，仿制药临床批件2个。

与日益丰富的研发、产品管线相对应的是逐年递增的研发投入。恒瑞医药多年来的研发投入在国内一众药企中遥遥领先，并在上海、成都、南京、苏州等多地成立各类研发中心。

2012-2018年，恒瑞医药研发投入由5.35亿增至26.7亿，研发支出占总营收比例由9.84%上升至15.33%，7年累计投入82.56亿。同类企业中，正大天晴、复星医药2018年研发投入占总营收比例均仅为10%。