由于恒瑞医药面对的是辉瑞、罗氏、诺华等跨国药企的直接竞争，据美国《制药经理人》杂志统计，2018年辉瑞、罗氏、诺华三家企业研发费用支出分别为79.62亿美元、98.03亿美元、81.54亿美元，研发投入占收入比分别达到17.58%、22%、18.75%，仍有不小的差距。

2019年上半年，恒瑞医药研发投入达到14.84亿，比上年同期增长49.13%，占总营收的14.8%。报告期内，公司提交国内新申请专利74件，提交国际PCT新申请21件，获得国内授权13件，获得国外授权22件。

恒瑞医药研发人员数量也由2012年时1418人增加至2018年时3116人，但占员工总数比例由2012年17.15%下降至14.83%，主要原因系销售人员激增。