你好，首先对于这件事发生在你身上深表遗憾。

一般在医院办理出生证明需要：1、与身份证明、住院病历上的姓名一致的婴儿父和母的名字；2、婴儿的名字；3、需带证件如下：婴儿父、母双方的身份证原件（复印件及过期身份证均无效）、父母双方的户口本原件（集体户口和外地户口可带复印件）、生育服务证或结婚证（未婚者需婴儿父母写未婚申明），另需带上出院通知单。原则上根据国家相关法规规定证件不齐不能办理出生证明。

但是发生在你身上的事情并非个例，不同地方政府有不同的政策，建议你向当地主管部门反映和咨询你的问题。类似你这种情况有的地方可以办理“男单亲《出生医学证明》”，女方找不到的情形首先到派出所进行报案登记，之后申请亲子鉴定，然后拿着：1、《首次签发登记表》，2、父亲本人有效的身份证、3、户口本原件及复印件，4、本人提供的非婚生育说明及个人单亲申请，就可以到婴儿出生的医院申请“男单亲《出生医学证明》”。但如果你当地不给办理，你可以出具本人书面声明，失踪人口报警记录，法定鉴定机构的有关亲子鉴定证明，按照公安部门户籍管理规定，凭亲子鉴定证明代替小孩出生证入户，并向派出所说明没有出生证明的原因。