其第二大股东杭州华东医药集团有限公司，持股比例16.46%，是杭州国资委下属全资企业，前身为浙江制药厂，目前为止浙江省最大的医药企业。1996年在杭州市政府批准下，与杭州医药站股份有限公司（华东医药前身）进行资产重组，成为其控股股东。

1998年7月，杭州华东医药集团将其部分股份转让给中国远大集团及其下属子公司珠海海湾大酒店，以致于在2000年上市时远大集团及其子公司合计持有40.55%的股份，成为上市时第一大股东。华东医药集团为何要在上市前期将股份转让给中国远大集团，具体原因尚未可知，但可能与中国远大集团的背景有关。虽然目前中国远大集团的股权结构显示为个人持股控股的公司，但2002年网络消息显示其为于国务院扶贫办下的大型国家计划单列企业。

华东医药总收入一直保持较快的增长速度，即使是在2016年前后国家实行两票制导致其医药商业仅有个位数增长的情况下，仍然能够保持10以上的增速。其业务收入大致可以分为两部分，其中一部分是占比75%的医药商业部分，另一部分则是医药工业。华东医药的医药商业部分业务，自2004年起一直领先于浙江省的同行企业，位于浙江省医药商业领域第一名，位于全国同行业第八名。2016年国家推行的两票制对其具有深远的影响，自当年起其商业部分业务收入同比增速下滑到7%左右，于今年上半年开始有所回升。对于医药工业部分的业务，则一直保持较快的增长速度，十年来一直同比增长超过20%。