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彭博社报道塞浦路斯大学生物科学教授LeondiosKostrikis和他的团队发现了新冠病毒的新变异体

来源: | 2022-09-21 13:19:43 | 人气:

导读:2022年1月8号,彭博社报道塞浦路斯大学生物科学教授LeondiosKostrikis和他的团队发现了新冠病毒的新变异体,因该变异体在Delta基因组中具有类似Omicron的遗传特征,遂将该变异体

2022年1月8号,彭博社报道塞浦路斯大学生物科学教授LeondiosKostrikis和他的团队发现了新冠病毒的新变异体,因该变异体在Delta基因组中具有类似Omicron的遗传特征,遂将该变异体命名为“Deltacron”。 


Kostrikis表示Deltacron结合了Delta和Omicron的基因,可能来自同时感染Delta和Omicron的患者。该项研究的25个突变样本采集自塞浦路斯,其中11个样本采集自住院新冠患者,14个样本采集自普通感染人群。相较而言,住院患者样本的突变频率更高,这可能意味着 Deltacron 与住院治疗之间存在相关性,因此,Deltacron的致病性和传染性需要引起重视。此外,针对Deltacron的研究数据已于1月7号提交给GISAID全球数据库。


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GISAID全球数据库中数据来源地区比例(图源:GISAID官网)


新冠病毒重组变异体的出现,引起了广泛关注,一些专家针对该变异体的真伪展开了讨论。蒙特利尔麦吉尔大学健康中心研究所的遗传学家 FatimaTokhmafshan在推特上表示病毒并不是重组的而是实验室污染所致,通过查看塞浦路斯最近提交的GISAID聚类和突变谱并没有发现突变共识;世卫组织 Covid专家Krutika Kuppalli 博士对此表示赞同,她在推特上表示在Delta 样本中检测到的Omicron组分,可能是因为样本在实验室受到污染导致的测序伪影所致,而非出现新的重组病毒;与此同时,伦敦帝国理工学院的病毒学家Tom Peacock博士也在推特上表示媒体报道的Deltacron序列明显是样品受到污染导致的。别的专家也看过Deltacron的序列信息,我们得出了一致结论:Deltacron看起来不像是真正的病毒重组,而更像是样本污染的结果;另一位知名科学家-亚特兰大埃默里大学传染病专家Boghuma Kabisen Titanji博士持谨慎态度,并在周日发推文表示关于Deltacron 的结论,仍需持谨慎态度,而目前可用的信息均指向样本的污染,而不是delta和omicron 的真正重组。


在此之前,针对新冠病毒的基因重组,已有报道。2021年10月11号发表于Medrxiv,名为“Genome Recombinationbetween Delta and Alpha Variants of Severe Acute Respiratory SyndromeCoronavirus 2 (SARS-CoV-2)”的文章报道了在日本发现的Delta和Alpha的重组变异体(AY.29+B.1.1.7)。通过Nexstrain对这一发现的数据进行系统进化树分析证实了该重组病毒序列可在同一个簇中找到。然而通过对Deltacron的数据进行同样的分析时发现其几乎分布在每个分支,并没有日本发现的重组病毒的簇状分布特征。


除此之外,在其他Delta分支中具有 Omicron 的完整ARTIC引物测序扩增子,这是ARTIC引物方案中扩增子72的失败导致的,因为这些序列中的所有 Omicron突变(即A67V、H69_V70del、T95I、G142D、V143_Y145del)都在该扩增子中,然而来自其他样品的低水平污染物填补了空白,因此重组扩增子的可能性约为0。


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研究成果(图源:Medrxiv)


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日本报道的Delta和Alpha重组变异体的系统进化树分析(图源:Nexstrain)


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塞浦路斯报道的Delta和Omicron重组变异体的系统进化树分析(图源:Nexstrain)


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ARTIC引物方案中72扩增子(图源:ARTIC)


针对专家们的质疑,Kostrikis在1月9号声明Deltacron的出现并不是单一重组事件,而是新冠病毒因适应环境而进化的突变,采集到的样本不仅在塞浦路斯的实验室进行了检测,也在其他国家的实验室进行了检测,并且以色列的实验室也检测出了Deltacron的重组特征。住院患者的Deltacron感染率明显高于非住院患者,这也侧面排除了样品污染假设。与此同时,他的团队除了最初的25份Deltacron样本之外,又发现了52例重组样本。


针对于此,Tom Peacock表示Omicron的流行时间无法让其产生任何重组体,系统进化树也表明Deltacron没有聚集特征,而真正的重组变异会有共同的簇。Tokhmafshan 指出如果原始样品在采集处理时就已经被污染,即使把它送到其他10个实验室,那是同一个样品,他们会得到相同的结果。如果以色列的实验室给出了同样的检测结果,那么以色列的样品是否在其他地区独立采集的,并且得到了与塞浦路斯同样的结果?截至本次发稿,Kostrikis并未做任何回复。


Deltacron的真伪仍需持续观察,客观来说,全球持续传播的delta和omicron仍存在重组的可能性,复制其基因的酶存在一种倾向即从它复制的RNA链上滑落,然后在落点处重新连接。当同时感染delta和omicron时,这种重组的概率将大大增加。


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