市场机制被抑制。药品生产、流通、销售环节地方保护、行政化管理突出，同种药品生产、流通企业繁多，大而全小而全，难以形成全国统一市场和专业化、规模化大生产与集中配送，资源分散而浪费，难以发挥市场在资源配置中的决定性作用，造成运行机制的严重扭曲，并进而滋生出更多问题。

药品目录不严谨。国家医保目录种类繁多，其中虚假创新、奇异剂型泛滥，加入医保药品目录程序不严格，往往需要攻关。

同种药品中标供应商过多。尽管药品集中招采已经运行多年，但由于一种药品往往有多个供应商中标，中标后依然存在竞争关系，药品销售更多地依赖医生开谁的药。因此，医生、医疗机构寻租（拿回扣）的机会和空间大，腐败问题难以消除；