学校有国家重点学科4个：中医外科学、中药学、中医内科学及中医骨伤科学；国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；国家中医药管理局重点学科38个；上海市高峰高原学科4个。有1个教育部中药现代制剂技术工程研究中心，3个教育部重点实验室，3个上海市重点实验室，8个国家中医药管理局重点研究室，2个国家中医临床研究基地；中医学、中药学两个学科顺利入选国家“双一流”建设学科高校名单，在教育部公布的第四轮学科评估结果中，我校中医学、中药学、中西医结合三个学科全部进入最高等级的A+档，是全国中医院校中唯一取得3个A+学科的高校。

学校办医规模与医疗服务能力不断提升，有8家附属医院，基本覆盖了上海市所有三级中医、中西医结合医院。附属医院的总建筑面积约67万平方米，总床位数约6300张，每年服务来自世界各地患者约1700万人次。学校积极响应国家“一带一路”倡议，已在捷克、马耳他、摩洛哥、美国等国家设立海外中医中心，不断促进中医药国际化。

学校以建设世界一流中医药大学为目标，坚持“不重其全重其优、不重其大重其特、不重其名重其实”的办学理念，经过60多年的建设和发展，已成为教学与科研实力以及主要学科全国排名领先的中医药高等院校。